Se trata de un dolor neuropático por naturaleza. Esto significa que el dolor es causado por una lesión neurológica que en este caso afecta a los nervios de la región pélvica.
En su aparición participan probablemente múltiples factores, incluyendo los biológicos (inflamatorios, neuroendocrinos), así como los psicológicos (emociones, contexto, ansiedad, etc.) y sociológicos.
Como existen numerosos órganos y músculos en la pelvis, a menudo se produce un solapamiento de síntomas: perineales, urinarios, digestivos. En consecuencia, en ocasiones resulta muy difícil clasificar un síndrome doloroso (aún cuando sea deseable poder clasificarlo, normalmente en función de los síntomas dominantes) y se habla entonces de dolores pélvico-perineales no etiquetados.